Bonaparte organise une gestion financière très centralisée, suffisamment forte pour commander des fonctionnaires présents sur tout le territoire.

Pour donner des gages aux milieux d'affaires, Gaudin le ministre des finances sépare l' administration des finances chargée des recettes et de l'établissement de budgets, en créant celle du Trésor ayant la charge de l'exécution budgétaire et de l'allocation des ressources aux différents ministères.

La loi du premier Pluviôse An VIII ( 21 janvier 1800) substitue une direction générale du trésor aux commissaires à la trésorerie. Relevant du ministre Gaudin chargé des finances, en 1801 elle devient le ministère du trésor chargé d'encaisser des recettes et de réaliser les paiements tous en suivant les mouvements de fonds.

Parallèlement, il fallait renforcer la collecte des impôts directs, action que les révolutionnaires n'avaient pas très bien su mener. Les municipalités chargées jusqu'alors d'établir les rôles n'étaient pas très efficaces.

Une loi de 1804 institue des receveurs municipaux ou spéciaux placés sous la dépendance des élus ou des directeurs pour les départements, les communes, les hospices et hôpitaux.

Une caisse de services est créée le 16 juillet 1806 pour accélérer la rentrée des recettes budgétaires. Les receveurs généraux des finances, suivant en cela leurs prédécesseurs de l'ancien régime, faisaient fructifier le produit des impôts avant de le reverser au trésor. Ils devront désormais l'affecter à la caisse de service au fur et à mesure du recouvrement, moyennant quoi un intérêt de 5 % leur sera versé.

En application d'une nouvelle règle qui fait "obligation de dépôt des fonds au trésor ", les receveurs généraux sont autorisés à recevoir à titre personnel les dépôts des particuliers qu'il rémunèrent à un taux inférieur aux 5 % que leur verse la caisse de services à laquelle ils affectent ces dépôts.

Il maintient les payeurs généraux dans les départements. Le réseau de gestion des impôts est le suivant : les agents sont des fonctionnaires spécialisés. La régie des droits réunis créée en 1804, établit l'impôt indirect qu'elle perçoit (octroi, droits sur les tabacs, les cartes à jouer, la marque des objets d'or et d'argent, alcool, sel..). ; l'administration des contributions directes établit l'assiette de l'impôt direct. Les agences des contributions directes, créées sous le directoire par la loi du 22 brumaire an VI (12 novembre 1797) sont remplacées le 3 frimaire an VIII ( 24 novembre 1799). Dans chaque département une direction du recouvrement des impôts directs composée d'un directeur, d'un inspecteur et de contrôleurs établit les matrices des rôles des contributions directes.

Les personnels des contributions directes élus pour partie depuis la révolution sont fonctionnarisés par Bonaparte. Les municipalités sont dessaisies de l'établissement des rôles.

Les 840 emplois créés pour établir les rôles assainirent rapidement la situation.

Les personnes qui avaient été élues pour encaisser les impôts dans chaque département (le receveur général et ses préposés) sont remplacés par des fonctionnaires. Le ministre Gaudin recrute des receveurs particuliers à qui il confie la collecte de l'impôt au niveau de l' arrondissement et des receveurs généraux responsables au niveau départemental. Ces collecteurs devaient présenter un cautionnement. Chacun s'obligeait par soumission à verser chaque mois 1/12 des sommes censées être recouvrées annuellement. Ces soumissions étaient en quelque sorte escomptées par l'État (rescription ) qui récupérait ainsi par avance ses moyens financiers de fonctionnement. L'acheteur de la rescription était quant à lui couvert par la caisse de garantie gérant les cautions des receveurs. Après avoir été étendu à tous les fonctionnaires des finances, de l'enregistrement aux douanes, ce système de "soumission -- rescription" fut appliqué aux notaires et commissaires-priseurs.

29 fructidor An IX : Bonaparte réorganise l'administration de la douane

1801 - Transformation de la Régie de l'Enregistrement en Direction générale de l'Enregistrement et des domaines.

Les impôts directs étaient toujours constitués des quatre vieilles institué par la Constituante : la foncière, la cote personnelle et mobilière, la patente, l'impôt sur les portes et fenêtres.
Le 30 juin 1802, le consulat créait le cadastre expérimenté à partir du 2 novembre et généralisé le 20 octobre 1803. Les révolutionnaires avaient déjà eu l'idée d'un cadastre dont l'objectif était d'assurer une exacte valorisation des parcelles pour établir plus justement la contribution foncière. La contribution personnelle mobilière commença son déclin. ; à partir de 1803, elle est remplacée dans les villes les plus importantes et notamment à Paris, par un octroi.

La loi du 4 pluviose en XI ( 24 janvier 1803) prévoit que les percepteurs chargés d'encaisser les impôts, qu'ils remettent ensuite aux receveurs, sont nommés par le premier consul. Ils reçoivent 4 % des fonds perçus à titre de rémunération. Bonaparte rétablit le cautionnement par la loi des 6 frimaire an VIII ( 27 novembre 1799) ; supprimé en 1794, il est de nouveau généralisé à tous les fonctionnaires des finances par les lois des 17 et 27 ventôse An IX (26 février et 18 mars 1801) Par un arrêté du 19 Fructidor An IX, les consuls créent 15 inspecteurs généraux du trésor public chargés de vérifier les caisses des receveurs et celle des payeurs généraux.

Le budget du consulat retrouve de la vigueur, alimenté par des impôts directs, des droits d'enregistrement, de douane, des recettes de la poste, de la loterie et du revenu des salines de l'Est.

1er Germinal An XIII  ( 21 mars 1804 ) L'Administration des droits réunis, mise en place par l'Empire, est transformée en Direction générale des Contributions indirectes.

Les impôts indirects abolis par la révolution sont rétablis pour financer les guerres.